Crisis medioambientales, provocadas por sequías extremas, los efectos de erupciones volcánicas o terremotos podrían haber contribuido a los cambios sociales acontecidos en el sudeste peninsular durante el III y el II milenios cal ANE. Sin embargo, estos factores no determinaron las formas de relación que emergieron al inicio del periodo argárico y durante su desarrollo posterior.
En términos climatológicos generales cabe destacar que la temperatura media anual fue en época argárica similar a la actual, caracterizándose los meses de verano por las mismas condiciones cálidas que en el presente.
Sin embargo, el hallazgo de restos de especies vegetales y animales típicas de entornos húmedos sugiere la existencia a inicios de época argárica de una cobertura vegetal más frondosa que la actual, con bosques de ribera y formaciones más o menos abiertas de pinos, acebuches, lentiscos y coscojas y matorral bajo en las laderas de las montañas y las depresiones. Entre las especies animales destacan el ciervo, el jabalí e, incluso, algunas especies acuáticas, como p. ej. las cercetas y las tortugas. La presencia de dichas especies junto con otros análisis paleoecológicos apuntan a unas condiciones climáticas de mayor pluviosidad y una estación seca menos extrema que en la actualidad.
A partir de inicios del 2. milenio, el registro botánico muestra un aumento progresivo de especies más adaptadas a ambientes secos, una reducción generalizada de la capa arbórea y la proliferación de especies herbáceas. Los robles de hoja caduca, los pinos y otras especies mesófitas van sustituyéndose progresivamente por robles de hoja perenne y matorrales que toleran mejor las sequías. En general, las especies xerófitas aumentan en detrimento de las mesófitas y la identificación de plantas halófitas, como por ejemplo Salsola<, Atriplex u otras de la familia de las Chenopodiaceae, sugiere que probablemente algunos suelos ya estaban experimentando los efectos de la salinización tras la pérdida de la cobertura vegetal original.
Estas transformaciones medioambientales coinciden con un aumento en el registro empírico de evidencias de incendios, cada vez más frecuentes. Así lo indica también la correlación negativa entre la presencia de microcarbones y del roble de hoja caduca. Este proceso de degradación medioambiental se vio pues agravado por la acción antrópica, es decir, la obtención de combustible para el desarrollo de la metalurgia y la alfarería, la adquisición de pastos para la ganadería y, sobre todo, la implantación del monocultivo cerealista. El cultivo masivo de cebada contribuyó a la deforestación de grandes extensiones y a la salinización de los suelos. La deforestación necesaria para la preparación de las parcelas agrícolas explicaría la importante presencia de especies de maquia entre el registro antracológico de la última fase argárica de Gatas (IV).
Las simulaciones sobre la extensión de los territorios agrícolas en el bajo Aguas (Almería) concluyen que sólo en cuatro períodos históricos se utilizaron suelos de baja calidad en la agricultura: El Argar reciente, el Imperio Romano, el Califato Omeya y el capitalismo contemporáneo. Al menos en los tres casos históricos sabemos que la propiedad de la tierra era notablemente desigual y que la población trabajadora se vio sometida a duras condiciones de explotación social. En el caso de El Argar, el aprovechamiento extensivo de las llanuras terciarias probablemente tuvo consecuencias medioambientales a largo plazo, ya que la vegetación allí nunca volvió a recuperarse.